Universitas Nusa Cendana (Undana) didirikan pada tahun 1962 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan (PTIP) No. 111 tahun 1962. fakultas-fakultas yang dibuka pada awalnya Fakultas Ketatanegaraan dan Ketataniagaan (FKK, 1962), menyusul Fakultas Peternakan (1964), berikut IKIP Malang Cabang Kupang yang kemudian dilebur dan diintegrasikan ke dalam Undana menjadi Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP, 1964). pada tahun 1982 dikembangkan lagi Fakultas Hukum (FH), selanjutnya menyusul tahun 1983 Fakultas Pertanian (Faperta), Fakultas Sains dan Teknik (FST), Fakultas Kesehatan Masyarakat (FKM), Fakultas Kedokteran (FK) pada tahun 2008, Fakultas Kedokteran Hewan (FKH) pada tahun 2010 dan Fakultas Ekonomi dan Bisnis (FEB) pada tahun 2013.

FKK Undana dalam perjalanannya mengalami pergantian nama beberapa kali. pada tahun 1967 dengan SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 062/0/1976 FKK dirubah namanya menjadi Fakultas Ketatanegaraan, Ketataniagaan dan Hukum (FKKH) berkenaan dengan diintegrasikannya Fakultas Hukum Berdikari (Swasta) yang dibina oleh Pemerintah Daerah Tingkat I NTT ke dalam lingkungan Undana. FKKH memiliki tiga jurusan/departemen yaitu Departemen Ketatatnegraan, Departemen Ketataniagaan dan Departemen Hukum.

Pada tahun 1982 FKKH dikembangkan lagi menjadi dua Fakultas yakni Fakultas Hukum dan FKK, yang mengalami pergantian nama menjadi Fakultas Ilmu Administrasi (FIA) sesuai SK Presiden No. 72 Tahun 1982. Pada tahun 1982 FIA memiliki dua jurusan, yakni Jurusan Administrasi Negara dan Jurusan Niaga. Pada tahun 1983 dalam lingkungan FIA dikembangkan lagi Jurusan Sosiologi. Pada tahun 1997 dengan SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 045/F/0/1997 nama FIA dirubah menjadi FISIP.

FISIP Undana pada tahun 2013 membawahi 7 Jurusan yakni, Jurusan Ilmu administrasi Negara, Jurusan Ilmu Administrasi Bisnis, Jurusan Sosiologi, Jurusan Ilmu Politik, Jurusan Ilmu Komunikasi, Jurusan Akuntansi dan Jurusan Ekonomi Pembangunan. Ke-tujuh jurusan tersebut semuanya berjenjang pendidikan sarjana (S-1), yang mempunyai beban studi 144 s/d 160 SKS dengan lama studi antara 8 s/d 14 semester. Pada tahun 2013 ke dua jurusan yang bernaung dibawah FISIP yaitu Akuntansi dan Ekonomi Pembangunan bergabung menjadi Fakultas Ekonomi dan Bisnis.